上海中医药大学成立于1956年9月1日，时名“上海中医学院” 。1958年正式搬迁至徐汇区零陵路校区。1981年成为全国首批博士、硕士学位授权单位。1984年组建上海市中医药研究院并合署。1993年12月，学校更名为“上海中医药大学”。2000年，原上海医学高等专科学校并入。2003年，学校整体搬迁至浦东新区张江高科技园区。2017年9月入选国家首批“双一流”学科建设高校。
截至2025年6月，学校占地500余亩；设有15个教学机构 ，有9家附属医院；有16个本科专业；有3个一级学科及1个专业学位类别（领域）博士授权点，6个一级学科，3个二级学科及7个专业学位类别（领域）硕士学位授权点，3个博士后流动站；全日制在校学生9072人，教职员工1300余人。
